Objectifs

Le programme d'approfondissement en Bioinformatique est une introduction aux concepts et enjeux de cette discipline, à travers quelques cours généraux en biologie et en informatique et quelques autres modules qui peuvent constituer un début de spécialisation. Il s’agit de se donner la compétence double qui permettra d’interagir au plus haut niveau avec des informaticiens, des biologistes et des médecins, au sein des équipes pluridisciplinaires qui structurent maintenant la recherche et le développement dans ce domaine. Un choix de cours relativement vaste, théoriques ou appliqués, donne la possibilité de se construire un parcours individualisé, pour compléter sa formation au cas par cas et préparer un projet de carrière adapté, en fonction de ses centres d'intérêts.

Cette spécialisation se poursuivra en quatrième année, avant une orientation aussi bien vers le monde académique que vers le monde de l'entreprise. Dans ce dernier cas aussi, s'agissant le plus souvent de sociétés internationales, la thèse est toujours une étape conseillée pour une carrière de haut niveau.

À l'issue du programme d'approfondissement, il est possible de continuer un cursus en bioinformatique. Il est possible aussi de se réorienter vers l'informatique ou la biologie, en conservant un bénéfice de ce début de double formation bioinformatique. La poursuite dans un cursus monodisciplinaire suppose bien entendu que cette discipline soit restée une majeure du cursus de 2A et 3A, étayant ainsi cette motivation.

Comme formations relativement équilibrées entre les deux disciplines, on peut citer, par exemple,

• le « MSc in Computer Science with option in Bioinformatics » de McGill,
• le « MSc in Computational Biology and Quantitative Genetics » de Harvard,
• le « MSc in Computer Science with track in Computational Biology » de Columbia,
• le « MSc in Bioinformatics » de University of Copenhagen avec deux spécialisations « Computational Biology » et « Computer Science »,
• le « MPhil in Computational Biology » de Cambridge,
• le « MSc in Bioinformatics and Theoretical Systems Biology » de Imperial College London,
• le « Master in Computational Biology and Bioinformatics » de ETH Zürich...

On peut ajouter, en France, des M2 comme « AMI2B » de Paris-Saclay, le parcours BIM « BioInformatique et Modélisation » du master d'Informatique de Sorbonne Université, et d'autres à Bordeaux, Aix-Marseille, Toulouse, ... La durée de ces formations est variable, de un an pour un M2 en France ou certains MSc, à deux ans pour des programmes plus complets. Elles proposent en général une voie recherche qui prépare à la poursuite en thèse.

Les débouchés en recherche académique, après une thèse, sont en laboratoires universitaires ou dans les grands centres de recherche français (INRA, Institut Pasteur, Institut Curie, Inserm...) ou internationaux (ex. EBI, SIB, NCBI...). Les activités exercées peuvent concerner notamment la conception d'algorithmes d'analyse ou de prédiction, mais également le développement, le nettoyage et l'enrichissement des grandes bases de données qui sont mises à disposition de la communauté, ainsi que l’ingénierie des plateformes qui les hébergent.

Les débouchés en entreprise, de préférence après une thèse, peuvent être en Recherche et Développement dans les industries pharmaceutique et agroalimentaire, l'agrochimie, l'ingénierie pour la santé, l'environnement, ou les biotechnologies.

Il existe aussi des débouchés en gestion et valorisation de la R&D et en conseil ou management de l'innovation technologique.