Descriptif
Dans ce cours, vous prélèverez votre propre échantillon environnemental et étudierez la diversité de sa population de micro-organismes. À cette fin, vous appliquerez le séquençage Oxford Nanopore en laboratoire et analyserez ensuite les résultats à l'aide de méthodes computationnelles de la bio-informatique.
La préparation et le séquençage de l'ADN vous permettront d'acquérir une expérience de premier contact en laboratoire. Dans la partie la plus importante de ce module, vous analyserez en profondeur les données générées en utilisant des outils bioinformatiques de pointe, par exemple l'assemblage de génomes, la prédiction de gènes, l'analyse de la diversité des espèces et la comparaison d'ensembles de données. Ainsi, ce module offre une combinaison complète d'expériences de biologie moléculaire et d'analyse informatique. Il vous initie au travail pratique dans la recherche moderne en biologie moléculaire et motive l'exploration des méthodes bioinformatiques à partir de demandes d'analyse concrètes.
Objectifs pédagogiques
Ce modal vous forme à sélectionner et à exploiter les méthodes informatiques actuelles pour analyser les données de séquençage de troisième génération. Ce cours est donc intéressant pour les étudiants en informatique ayant une formation théorique et souhaitant avoir un aperçu de l'aspect appliqué de la bio-informatique, ainsi que pour les biologistes souhaitant en savoir plus sur l'analyse de données.
effectifs minimal / maximal:
1/8Diplôme(s) concerné(s)
Format des notes
Numérique sur 20Littérale/grade réduitPour les étudiants du diplôme Programmes d'échange internationaux
Vos modalités d'acquisition :
- présentation en groupe de 2 + 10 minutes de questions (50%)
- rapport final individuel en style de compte rendu et le code qui a été programmé (50%)
Pour les étudiants du diplôme Titre d’Ingénieur diplômé de l’École polytechnique
L'UE est acquise si note finale transposée >= C- Crédits ECTS acquis : 6 ECTS
Le coefficient de l'UE est : 13
La note obtenue est classante.