Descriptif
La biologie est de plus en plus quantitative. Cette évolution passe par des jeux de donnée toujours plus grand à analyser et les méthodes issue des 'sciences des données' au sens large prennent une place de plus en plus grande dans la biologie. Dans cet EA nous verront les méthodes les plus importantes des sciences des données et les appliqueront dans le contexte du phénotypage par microscopie haut débit/haut contenu.
Déroulement du cours: 6 séance cours/TP durant lesquelles sera ré-analysé un jeu de donnée issu d'une publication de recherche nous permettant de voir les méthodes correspondant à toutes les étapes d'un workflow de phénotypage haut contenu: traitement et analyse d'image, calcul de caractéristiques quantitatives, analyses statistiques, apprentissage statistique et 'deep learning' et lien à la biologie computationel au sens large via ontologies et base de donnée partagé en ligne. Suivront 3 séances projets pour aller plus loin sur une problématique particulière, sur ce jeu de donnée ou un autre. Évaluation: oral devant jury sur le projet.
Pré-requis: Formellement aucun, pour permettre à tout élève intéressé de suivre l'EA, même en dehors des PA bio/bioinfo. Un réel intérêt pour la biologie et un minimum d'aisance en programmation en python sont néanmoins nécessaire.
Langue du cours : Anglais
effectifs minimal / maximal:
/25Diplôme(s) concerné(s)
- Programmes d'échange internationaux
- M1 Biologie et Santé
- M2 Biomécanique et Ingéniérie Biomédical
- Titre d’Ingénieur diplômé de l’École polytechnique
Parcours de rattachement
Format des notes
Numérique sur 20Littérale/grade réduitPour les étudiants du diplôme Programmes d'échange internationaux
Vos modalités d'acquisition :
Examen oral en binôme.
Il consistera en une présentation orale, par binôme, avec 10min à présenter, suivie de 10-15min de discussion.
Il n'y a pas d'exigence supplémentaire (rapport ou référentiel de code).
La présentation et/ou les diapositives peuvent être en anglais ou en français.
Veuillez préparer la présentation dans l'esprit d'une présentation scientifique, c'est-à-dire avec une intro présentant le contexte et les questions, présentation des méthodes et des résultats et conclusion/discussion.
Assurez-vous d'inclure une discussion au-delà des méthodes purement techniques, vers l'application biomédicale.
Préparez la présentation comme si vous la présentiez à un public interdisciplinaire composé de biologistes/physiciens/informaticiens.
- Crédits ECTS acquis : 4 ECTS
Pour les étudiants du diplôme M1 Biologie et Santé
Pour les étudiants du diplôme Titre d’Ingénieur diplômé de l’École polytechnique
Vos modalités d'acquisition :
Examen oral en binôme.
Il consistera en une présentation orale, par binôme, avec 10min à présenter, suivie de 10-15min de discussion.
Il n'y a pas d'exigence supplémentaire (rapport ou référentiel de code).
La présentation et/ou les diapositives peuvent être en anglais ou en français.
Veuillez préparer la présentation dans l'esprit d'une présentation scientifique, c'est-à-dire avec une intro présentant le contexte et les questions, présentation des méthodes et des résultats et conclusion/discussion.
Assurez-vous d'inclure une discussion au-delà des méthodes purement techniques, vers l'application biomédicale.
Préparez la présentation comme si vous la présentiez à un public interdisciplinaire composé de biologistes/physiciens/informaticiens.
- Crédits ECTS acquis : 5 ECTS
La note obtenue rentre dans le calcul de votre GPA.
Pour les étudiants du diplôme M2 Biomécanique et Ingéniérie Biomédical
Vos modalités d'acquisition :
Examen oral en binôme.
Il consistera en une présentation orale, par binôme, avec 10min à présenter, suivie de 10-15min de discussion.
Il n'y a pas d'exigence supplémentaire (rapport ou référentiel de code).
La présentation et/ou les diapositives peuvent être en anglais ou en français.
Veuillez préparer la présentation dans l'esprit d'une présentation scientifique, c'est-à-dire avec une intro présentant le contexte et les questions, présentation des méthodes et des résultats et conclusion/discussion.
Assurez-vous d'inclure une discussion au-delà des méthodes purement techniques, vers l'application biomédicale.
Préparez la présentation comme si vous la présentiez à un public interdisciplinaire composé de biologistes/physiciens/informaticiens.
- Crédits ECTS acquis : 4 ECTS
