Descriptif
Projet en bioinformatique
Ce module correspond à un projet de recherche individuel ou en petit groupe effectué en association avec un chercheur. Les élèves découvrent un problème biologique à travers un travail de modélisation ou simulation.
Ils acquièrent de nouvelles connaissances tout en mettant en pratique les concepts de cours.
Le langage de programmation Python est utilisé, en particulier la librairie Biopython.
Niveau requis : Au moins un module de biologie en année 2
Langue du cours : Français
Objectifs pédagogiques
Les sujets abordés comprennent l'analyse, la prédiction et l'ingénierie des séquences et des structures de protéines et d'ADN/ARN.
Chaque semaine, le point sur l'avancement des travaux est fait avec les Enseignants.
Diplôme(s) concerné(s)
- Programmes d'échange internationaux
- M1 Biologie et Santé
- Titre d’Ingénieur diplômé de l’École polytechnique
Parcours de rattachement
Format des notes
Numérique sur 20Littérale/grade réduitPour les étudiants du diplôme Programmes d'échange internationaux
Vos modalités d'acquisition :
Modalités :
- Vous devrez faire une présentation par groupe des deux projets pendant 30/40min pour les doubles/triplés. Vous pouvez organiser librement le temps de parole au sein d'un groupe et entre les projets.
- Vous disposerez ensuite de 15/20min (doubles/triplets) de questions.
- Aucun rapport écrit n'est attendu mais nous vous demandons de nous envoyer les slides de présentation (pdf) et les codes (sous forme de notebooks Jupyter ou Python pur, au choix) par email avant le mercredi 13 mars midi. Les cahiers/codes doivent également contenir des exemples de tests et une documentation suffisante.
Nous avons essayé de prendre en compte les contraintes que nous connaissons, faites-moi savoir si cela ne fonctionne pas pour vous et nous essaierons de trouver une solution.
Le rattrapage est autorisé (Note de rattrapage conservée)
- Crédits ECTS acquis : 5 ECTS
La note obtenue rentre dans le calcul de votre GPA.
Pour les étudiants du diplôme M1 Biologie et Santé
Pour les étudiants du diplôme Titre d’Ingénieur diplômé de l’École polytechnique
Vos modalités d'acquisition :
Examen oral.
Vous pouvez organiser librement le temps de parole au sein d'un groupe et entre les projets.
Vous disposerez ensuite de 10/15min (simple/double) de questions.
Aucun rapport écrit n'est attendu mais nous vous demandons de nous faire parvenir les slides et codes de présentation par email la veille de votre oral avant midi. Les codes doivent être accompagnés d'exemples d'exécution préprogrammés (par exemple : python example_1.py, sans qu'il soit nécessaire de saisir des paramètres).
- Crédits ECTS acquis : 5 ECTS
La note obtenue rentre dans le calcul de votre GPA.